Situato alla fine di un fiordo di 17 chilometri sul bordo del Mar Baltico, Kiel ha una fauna selvatica incredibile e diversificata sulla sua soglia. Le acque salmastre del Mar Baltico ospitano sia specie di acqua salata che di acqua dolce, tra cui la foca grigia del Baltico, il marsupiale atlantico e l'anguilla europea in pericolo.

Il fiordo ha lussureggianti praterie di fanerogame marine che forniscono un habitat vitale per la vita marina e migliorano la qualità dell'acqua. Questa pianta meravigliosa gioca anche un ruolo sproporzionato nella lotta al cambiamento climatico, in quanto copre solo lo 0,1 - 0,2% dell'intero fondale marino, ma è responsabile del 10% dell'immagazzinamento complessivo di carbonio degli oceani.

Essendo il punto di ingresso del Canale di Kiel, un canale cruciale per il traffico commerciale che collega il Mar Baltico e il Mar del Nord, la fauna selvatica nell'insenatura è sottoposta a stress crescente. Infatti, le acque intorno a Kiel devono affrontare molte minacce. Il Mar Baltico risente gli effetti dell'arricchimento di nutrienti dovuto al deflusso dalle città circostanti e la sovrapesca ha portato al crollo dei numeri di pesci, tra cui merluzzo atlantico e aringa. È anche una delle regioni marine che si stanno riscaldando più rapidamente al mondo, con un aumento delle temperature dell'acqua di 1,5 °C negli ultimi 30 anni.

Sono in atto passi promettenti per salvaguardare l'ambiente marino da parte delle autorità locali insieme a istituti come il GEOMAR - Centro Helmholtz per la Ricerca Oceanica di Kiel (una delle organizzazioni che collaborano al programma scientifico de The Ocean Race).

Delle vaste aree del Mar Baltico sotto la giurisdizione delle autorità regionali di Kiel, aree per un totale del 12,5% vengono poste sotto stretta protezione. Nel frattempo, Kiel sta lavorando per ridurre drasticamente le emissioni di gas serra ed è la prima città in Europa a ottenere la certificazione di rifiuti zero, promuovendo iniziative come la condivisione di cibo avanzato e laboratori nelle scuole. Vengono anche adottati provvedimenti per migliorare la gestione della pesca, ridurre il deflusso di nutrienti e ripristinare gli habitat, con ONG e cittadini che aiutano a ripiantare le fanerogame marine nelle aree costiere del Mar Baltico.

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